Die TEE-Untersuchung ist indiziert zur Evaluation der kardialen und aortalen Morphologie und Funktion, wenn die TTE nicht zielführend ist und die Untersuchung therapeutische Konsequenzen hat.
Strukturspezifische Gründe sind Strukturen im Fernfeld des TTE-Sektors, Klappenprohesen und paraprothetische Abszesse.
Patientenspezifische Gründe sind intubierte Patienten und solche mit Thoraxtrauma oder Deformierungen und Patienten, bei denen keine Seitenlagerung möglich ist.
Weitere TEE-Indikationen betreffen intraoperative TEEs und Begleitung invasiver Prozeduren.